La Cuenca del Río Tijuana cubre 4,465 km2 (1,750 mi2), desde su nacimiento en las montañas Laguna en California al noreste y la Sierra Juárez en Baja California al sur, hasta su desembocadura en el Estuario del Río Tijuana en Imperial Beach, condado de San Diego, California, pasando por las zonas urbanas de Tijuana y Tecate.

En la parte de Estados Unidos, el 93% de la cuenca recae bajo la jurisdicción del condado de San Diego. En México, casi toda la CRT se encuentra bajo la jurisdicción de los municipios de Tijuana y Tecate y una parte pequeña corresponde al municipio de Ensenada.

En nuestra región, la Cuenca del Río Tijuana (CRT) corresponde a las porciones de California y Baja California en donde la precipitación fluye hacia el Océano Pacífico por medio del Río Tijuana y sus tributarios, incluyendo los ríos Tecate, Alamar, Las Palmas y El Florido.

Las comunidades en la parte de los EE.UU. de la Cuenca del Río Tijuana incluyen las ciudades incorporadas de Imperial Beach y San Diego (incluyendo las comunidades de San Ysidro y Otay Mesa), Campo, Barrett Junction, Potrero, Pine Valley, Morena Village, Buckman Springs, Boulder Oaks, Tierra del Sol, y Tecate (EE.UU.).La reservación india Kumeyaay incluye Campo, Manzanita, y parte de los territorios de La Posta y Cuyapaipe.